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明治以降、西洋医学が発達し、温泉療法は臨床医学から閑却された。しかしながら、温泉医学の必要が叫ばれ、昭和６年九州大学に温泉治療学研究所が設置されて以来、相次ぎ国立６大学にも設けられ、治療と研究が盛んとなった。 昭和１０年、本会は東京大学医学部内科物理療法学教室、日本温泉協会学術部を母体とし、温泉気候およびその医学的応用に関する学術的研究を目的として、有志が集まり結成された。 初代会長林春雄博士の尽力により、創立とともに日本医学会に加入、日本医学会の分科会として活動する。 その後、温泉・気候医学およびその他の理学療法に関する学術的研究ならびに医学的応用を推進することを目的とし、以下のような活動を行う。 昭和 １０年１月１日 日本温泉気候学会として設立する。 昭和 １０年１月２５日 日本温泉気候学会雑誌を創刊する。 昭和 ３７年４月 日本温泉気候物理医学会と改称する。 昭和 ３７年５月 発行の第２６巻１号より日本温泉気候物理医学会雑誌と誌名変更。 昭和 ５１年５月 温泉療法医認定制度を設置、第１回認定を行う。 昭和 ５５年５月 温泉療法医認定のための教育研修会を毎年１回開催する。 昭和 ５７年４月 認定医による日本温泉療法医会を設立。 温泉療法医会会報を年２回発刊し、各地区活動を行う。 昭和 ５８年４月 上記教育研修会の講義録「温泉医学提要」発刊。 平成 元年４月 新たに認定温泉医認定制度を発足する。 平成 ７年５月 優秀論文賞の新設 平成 ８年４月 研修会講義録「温泉医学」（1990年）発刊。 平成 ８年６月 「日本温泉気候物理医学用語集」発刊。 平成 ９年５月 認定温泉医を日本温泉気候物理医学会認定医と改称する。 平成 １１年４月 「入浴・温泉療養マニュアル」を発刊する。 平成 １６年５月 「新温泉医学」発刊。 平成 １７年６月 有限責任中間法人日本温泉気候物理医学会　設立 平成 １９年５月 「新入浴・温泉療養マニュアル」を発刊 平成 ２０年５月 研究奨励賞の新設 平成 ２０年１２月 法改定により一般社団法人化へ 平成 ２１年５月 一般社団法人 日本温泉気候物理医学会　定款変更 年に1回学術総会を開催　また評議員会を年1回開き、本会の重要事項を審議する。 2011年5月末日現在   会員数 1,870名　うち温泉療法医1,038名（温泉療法専門医222名含む）   購読団体 45   学会誌 2,200部発行（上記ほか国内団体112、海外34通発送）   役員構成 理事 評議員   理事14名（うち理事長1名）　総会大会長1名 評議員102名（理事を含む）　監事2名 学会役員 理事長 猪熊　茂子   日本赤十字社医療センター アレルギーリウマチ科部長・リウマチセンター長   副理事長 川平　和美   鹿児島大学大学院医歯学総合研究科運動機能修復学講座リハビリテーション医学教授   理事 大塚　吉則   北海道大学大学院教育学研究院人間発達科学分野教授     鏡森　定信   独）労働者健康福祉機構富山産業保健推進センター所長 （富山大学名誉教授）     久保田一雄   群馬温泉医学研究所長     倉林　　均   埼玉医科大学リハビリテーション医学講座教授     田中　信行   鹿児島大学名誉教授     鄭　　忠和   鹿児島大学大学院医歯学総合研究科 循環器・呼吸器・代謝内科教授     出口　　晃   医）主体会小山田記念温泉病院内科部長     前田　眞治   国際医療福祉大学大学院リハビリテーション学教授     牧野　直樹   九州大学生体防御医学研究所老化制御学分野教授     光延　文裕   岡山大学大学院長寿社会医学講座老年医学教授     宮田　昌明   鹿児島大学大学院医歯学総合研究科 循環器・呼吸器・代謝内科学診療准教授     吉岡　尚文   秋田大学副学長   監事 勝木　建一   やわたメディカルセンター院長     上岡　洋晴   東京農業大学地域環境科学部教授 温泉療法医会 会　長   川村　陽一   主体会理事長 副会長   宮下　和久   和歌山県立医科大学衛生学教室教授 監　事   増渕　正昭   栃木県医師会塩原温泉病院名誉院長     三友　紀男   仙台社会保険病院名誉院長